Шта је датотека Протеин Дата Банк (ПДБ)? Како га отворити и погледати у оперативном систему Виндовс 11?

Cto Takoe Fajl Protein Data Bank Pdb Kak Otkryt I Prosmotret Ego V Windows 11



недефинисан

Датотека банке података протеина (ПДБ) је формат датотеке који се користи за складиштење тродимензионалних биолошких података. ПДБ датотеке се обично користе за чување података о протеинима, нуклеинским киселинама и другим биомолекулима. ПДБ датотеке се могу прегледати на различите начине, укључујући софтвер као што су ПиМОЛ и ВМД. У оперативном систему Виндовс 11 можете отворити ПДБ датотеку тако што ћете отићи у Филе Екплорер, кликнути на картицу Виев, а затим изабрати опцију за приказ скривених датотека и фасцикли. Када то урадите, требало би да будете у могућности да лоцирате ПДБ датотеку коју желите да видите. ПДБ датотеке су важан алат за научнике који раде са биомолекулима, јер омогућавају визуализацију и анализу података у три димензије. Разумевање отварања и прегледа ПДБ датотека је стога важна вештина за свакога ко ради у области биоинформатике или рачунарске биологије.



Датотеке банке података протеина (ПДБ). су тродимензионалне молекуларне датотеке које чувају молекуларне структуре. Сада, ако се питате како да отворите такве датотеке на рачунару, овај пост ће вас занимати. Овде ћемо детаљно разговарати о ПДБ датотекама и како да прегледате такве датотеке у оперативном систему Виндовс 11/10. Дакле, без даљег одлагања, хајде да то проверимо!







Прегледање датотеке банке података протеина (ПДБ).





Шта је датотека Протеин Дата Банк (ПДБ)?

Банка података о протеинима (ПДБ) је база података 3Д структурних података за протеине, нуклеинске киселине и друге велике молекуле. Датотека из БДП Екстензија датотеке је у основи датотека која садржи податке који се односе на структуру 3Д биолошког молекула. Подаци укључују атомске координате, атомске структуре, атомску повезаност, структуру протеина, структуру нуклеинске киселине и још много тога. Такође садржи експерименталне метаподатке.



Овај формат датотеке се широко користи у биоинформатици за размену протеинских координата. Садржи хиљаде редова који описују структуру протеина. Сада, ако желите да читате или прегледате ПДБ датотеке на Виндовс рачунару, морате да користите наменски алат треће стране јер не постоји изворна апликација за то. У овом посту ћемо разговарати о различитим начинима за преглед ПДБ датотеке у оперативном систему Виндовс 11/10.

Како погледати датотеку Протеин Дата Банк (ПДБ) у оперативном систему Виндовс 11?

Постоје два начина да видите датотеку Протеин Дата Банк (ПДБ) у оперативном систему Виндовс 11/10, и то:

  1. Користите бесплатни софтвер за преглед ПДБ датотека.
  2. Испробајте бесплатну онлајн алатку за читање ПДБ датотека.

1] Користите бесплатни софтвер за преглед ПДБ датотека.

Можете користити Виндовс софтвер треће стране који вам омогућава да отворите и прегледате ПДБ датотеке. Постоји неколико бесплатних десктоп апликација за Виндовс које можете испробати. Ево неких добрих које можете користити:



  • ИКмол
  • Свисс-ПдбВиевер
  • Цумол
  • Молекул
  • РасМол

А] ИКмол

ИКмол је бесплатан софтвер за молекуларни уређивач и визуелизацију отвореног кода за Виндовс 11/10. Користећи га, можете прегледати ПДБ као и разне друге 3Д датотеке молекула као што су МОЛ, СМИ, ЦУБЕ, КСИЗ, итд. У овом софтверу можете пронаћи све важне алате за визуелизацију молекула. Ови алати се крећу од основних до напредних. Поред прегледа ПДБ датотеке, можете уредити и молекуларну структуру.

Омогућава вам да отворите више ПДБ датотека у исто време и да их прегледате све у исто време. У панелу Приказ модела можете омогућити или онемогућити приказивање једне или више ПДБ датотека.

Главне карактеристике ИКмол-а:

Карактеристике овог бесплатног прегледача ПДБ датотека отвореног кода које можете погледати су:

  • Можете пронаћи све стандардне алате за прегледање датотека, укључујући зумирање/умањивање (помоћу точкића миша), померање, ротирање, цео екран, ресетовање приказа, приказ осе итд.
  • Омогућава вам да прилагодите изглед модела уређивањем параметара као што су схадер, амбијентално осветљење, дифузија, јачина магле, светла места, интензитет буке, параметри ПОВ-Раи итд.
  • Такође можете додати атомске ознаке као што су маса атома, делимично наелектрисање, НМР, густина спина итд.
  • Ово вам омогућава да прилагодите подешавања камере по свом укусу. Можете подесити пројекцију камере, положај итд.
  • имати погодан Аутоматска ротација функција која вам омогућава да аутоматски ротирате молекуларни модел.
  • Можете да сачувате тренутни приказ структуре протеина у формату слике као што су ПНГ, ППМ, БМП, ЈПГ, ПС, ЕПС, итд.
  • Такође вам омогућава да конвертујете ПДБ у друге датотеке молекула користећи функцију „Сачувај као“. Подржани излазни формати: КСИЗ, МОЛ, МОЛ2, ЦМЛ, итд.
  • Такође можете да га користите Калкулација функције за израчунавање енергија молекуларне структуре, силе, ПЕС скенирање, прелазно стање, хемијски помаци, геометрија, енергија разлагања, БССЕ корекција, и тако даље.

Поред функција за гледање, добијате посебан мени Буилд са скупом функција молекуларне конструкције. Ове карактеристике укључују додавање нових атома, уметање нових молекула, минимизирање структуре, постављање изотопа и још много тога.

Ово је заиста добар софтвер за молекуларно моделирање са којим можете визуализовати датотеке Протеин Дата Банк на свом рачунару. Ако вам се свиђа, преузмите одавде .

види: Цхем4Ворд је додатак за хемију за Мицрософт Ворд. .

Б] Свисс-ПдбВиевер

Свисс-ПдбВиевер је посебан бесплатни прегледач ПДБ датотека за Виндовс 11/10. Омогућава вам да визуализујете и анализирате неколико протеинских структура истовремено. Можете анализирати структуру протеина, структуру ДНК, итд. садржану у ПДБ датотеци. Осим ПДБ датотеке, такође вам омогућава да отворите и прегледате МОЛ и ММЦИФ датотеке.

Када отворите ПДБ датотеку, 3Д приказ се приказује на интерфејсу заједно са прозором контролне табле. Контролна табла садржи опште информације, листу и наслов датотеке. Можете лако да померате структуру, ротирате је, увећавате/умањујете итд.

Такође вам омогућава да прикажете или сакријете површину тачке, базу, водоничне везе, векторе силе и још много тога према вашим жељама. Такође можете да истакнете различите делове различитим шемама боја да бисте боље анализирали структуру. Поред тога, можете користити функције приказа као што су Рендер ин Солид 3Д, Рендер ПОВ, Дисплаи Лабелс и још много тога.

Поред алата за визуелизацију, добијате и много функција молекуларног моделирања. Поред тога, садржи и прорачун енергије, прорачун Х-везе, анализу домена, детекцију домена, креирање 3Д мотива, изградњу кристалографске симетрије и друге алате.

Можете га преузети са Званични сајт .

Читати: Најбољи бесплатни софтвер за анализу снаге за Виндовс 11/10.

Ц] КМол

Цумол је још један бесплатни ПДБ прегледник за Виндовс 11/10. То је алат за визуализацију макромолекуларне структуре помоћу којег можете прегледати ПДБ датотеке. Друге датотеке које можете отворити и прегледати у њему су ДКС, МАП, МТЗ, ЦНС, итд.

Омогућава вам да се пребацујете између перспективног и ортографског приказа, ротирате модел, увећавате/умањујете, итд. Можете да прикажете модел користећи ПОВ-Раи и његове методе за рендеровање анимације. Рендерована структура се може сачувати у ПНГ формату. Доступан је и алат за мерење који вам омогућава да измерите растојање, угао и увртање у моделу.

Такође можете пронаћи неке додатне алате за даљу анализу структуре протеина. Ови алати укључују Молекуларна суперпозиција, Мол површински резач, генерисање Мол површине, уређивач Мол везе, анализа интеракције, Мол морф анимација, и тако даље.

То је добар софтвер за визуализацију и анализу структуре протеина присутне у ПДБ датотекама.

види: .ЛИТ опција # Како претворити ЛИТ у ЕПУБ или МОБИ на Виндовс-у?

софтвер за прављење резервних копија е-поште

Д] Молекули

Следећи софтвер за преглед ПДБ-а на овој листи је Молекел. Ово је прилично стар, али моћан софтвер за молекуларну визуализацију који вам омогућава да отворите и прегледате ПДБ датотеке. Можете пронаћи многе алате за молекуларну визуализацију и анализу који вам омогућавају да анализирате структуре протеина.

Омогућава вам да прилагодите приказ молекула, атома, веза, остатака, итд. Можете одабрати различите типове приказа за сваки од њих, као што су Балл & Стицк, ЦПК, Хемисфера, СоСпхере, Фулл Спхере, Цилиндер, СоЦилиндер, Семицилиндер, Вире, Стицк, Линеар Тапе, итд. Поред тога, можете подесити својства 3Д приказа, приказати/сакрити оквире за ограничавање, користити схадере, итд. Омогућава вам да видите ПДБ датотеку променом електронске густине површине структуру и додавање површине доступне за растварач, структури.

можете наћи Анимација функција у њему да игра анимацију структуре молекула. Такође има посебан мени „Анализа“ са одговарајућим алатима. Користећи алате за анализу, можете одредити податке о мрежи, густину ротације, молекуларни електростатички потенцијал, спектар емисије, растојање, угао и још много тога за структуру.

Такође вам омогућава да претворите ПДБ датотеке у различите формате датотека. Ови формати укључују ПДФ, ПС, ЕПС и Имаге. Ако вам се свиђа, можете га добити Ево .

Читати: Апликација Цомплете Анатоми је достојно преузимање за Виндовс. .

Е] Расмол

Такође можете користити РасМол за преглед ПДБ датотека на Виндовс 11/10. То је бесплатан софтвер отвореног кода који вам омогућава да визуализујете и анализирате молекуларне структуре. Такође подржава отварање и преглед других датотека као што су МОЛ, КСИЗ, ЦИФ, МОПАЦ, итд.

Омогућава вам да видите структуру као оквир, основу, шипке, траке, праменове, итд. Такође можете истакнути различите делове структуре различитим бојама. Такође вам омогућава да прикажете или сакријете атоме водоника, хетероатоме, сенке, ознаке итд. према вашим жељама. Такође можете мерити растојање, торзију, угао и друге вредности у структури.

Овај софтвер је доступан Ево .

види: Најбољи бесплатни софтвер за 3Д анатомију човека за Виндовс.

2] Испробајте бесплатну онлајн алатку за читање ПДБ датотека.

Такође можете користити бесплатну онлајн алатку за отварање и преглед ПДБ датотека. Све што треба да урадите је да отворите веб локацију у веб претраживачу и преузмете ПДБ датотеку да бисте је видели. Ево неколико добрих бесплатних ПДБ прегледача на мрежи које можете испробати:

  • РЦСБ ПДБ
  • Молсофт

А] РЦСБ ПДБ

Виндовс није могао да покрене услугу дијагностичке политике

Можете користити овај бесплатни алат на мрежи под називом РЦСБ ПДБ за визуелизацију датотека Протеин Дата Банк. Омогућава вам да увезете ПДБ датотеку, а затим визуализујете и анализирате њену молекуларну структуру.

Можете пронаћи неке основне функције визуелизације као што су зумирање, ротирање, напредно пребацивање приказа порта, ресетовање камере, пребацивање режима избора итд. Такође вам омогућава да прилагодите нека подешавања или опције контроле као што су режим камере (перспективни или ортографски), боја позадине, укључено /ван. онемогући оклузију, омогући/онемогући маглу, клипинг, локацију итд.

Долази са Анимирај функција. Користећи ово, можете аутоматски ротирати структуру протеина. Овим можете подесити брзину и угао ротације. Такође добијате посвећену Меасуремент алат у њему. Користећи овај алат, можете сазнати више вредности као што су растојање, оријентација, угао и још много тога.

Поред ових функција, доступно је неколико других практичних алата: претрага мотива структуре, додавање компоненти, извоз анимације, извоз геометрије (СТЛ, ОБЈ, итд.) и извоз модела.

Све у свему, ово је заиста добар бесплатни онлајн ПДБ прегледник са сјајним скупом алата за визуелизацију. Можете пробати Ево .

Б] Молсофт

Молсофт је још један онлајн алат који се може користити за визуелизацију ПДБ структура. Ово је једноставан прегледник ПДБ датотека са основним карактеристикама. Прво га отвори Веб сајт и кликните на опцију менија са три траке. Након тога, изаберите опцију „Отвори“ да бисте увезли локално сачувану ПДБ датотеку или отпремили датотеку са свог Гоогле диска. Када изаберете датотеку, она ће вам показати молекуларну структуру у прегледнику.

Можете користити различите режиме приказа да бисте визуелизовали структуру. Ови погледи укључују жичани оквир, креатин фосфокиназу (ЦПК), лопту и штап, траку и још много тога. Можете лако да прелазите између ових режима приказа како би одговарали вашим захтевима. Поред тога, омогућава вам да омогућите или онемогућите ознаке атома, ознаке остатака, водоничне везе и места за боље разумевање структуре.

Такође пружа алате за мерење. У моделу можете мерити растојање, раван угао и угао заокрета. Поред тога, доступна је згодна функција Цолор би, која вам омогућава да обојите структуру према врсти атома, ланцу, поравнању, секундарној структури итд.

Ово је још један добар онлајн прегледач ПДБ датотека који можете испробати бесплатно.

Како преузети ПДБ датотеку из Протеин Дата Банк?

Да бисте преузели ПДБ датотеку из Протеин Дата Банк, можете посетити веб локацију Протеин Дата Банк, унети и потражити назив протеина или макромолекула, као што је људски хемоглобин, хитиназа, итд. Затим изаберите датотеку из резултата претраге и користите опцију преузимања да преузмете ПДБ датотеку. Тако једноставна.

Како видети ПДБ структуре?

Молекуларне структуре ПДБ-а могу се видети коришћењем наменског онлајн алата или софтверске апликације. Можете испробати бесплатни софтвер као што је ИКмол, Свисс-ПдбВиевер и ЦуеМол да бисте визуелизовали и анализирали ПДБ структуре на рачунару. Ако више волите да користите онлајн алат, постоји много опција. На пример, испробајте веб сервисе као што су РЦСБ ПДБ и Молсофт. Ово су бесплатни прегледачи ПДБ датотека на мрежи који пружају напредне алате за молекуларну визуализацију и анализу.

Како претворити ПДБ датотеку у ПДФ?

Да бисте претворили ПДБ датотеку у ПДФ, можете користити ову бесплатну десктоп апликацију под називом Молекел. Пружа посебну опцију „Сачувај у ПДФ“ која вам омогућава да конвертујете ПДБ датотеку у ПДФ формат. Можете отворити ПДБ датотеку, а затим кликнути на „Датотека“ > „Сачувај у ПДФ“ да бисте ПДБ претворили у ПДФ. О овом софтверу смо детаљно разговарали у овом посту, погледајте га изнад.

То је све.

Сада прочитајте: Најбољи бесплатни софтвер за молекуларно моделирање за Виндовс.

Прегледање датотеке банке података протеина (ПДБ).
Популар Постс